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La macchia mediterranea è il tipo di vegetazione prevalente. Tra le piante arborate più rappresentative vi sono il carrubo, il mandorlo, la tamerice, il fico, l’olivastro e il lauro, tra gli arbusti il timo e il rosmarino. Se la fauna terrestre scarseggia – sono presenti tuttavia il pipistrello, il riccio, la lucertola, varie specie di serpenti non velenosi e di lumache –, la fauna marina è assai ricca. Nei fondali vivono il bonito (Katsuwonus pelamis), il dentice, il pesce persico, la murena.
A Malta la disponibilità annua di acqua pro capite è di soli 128 m³ (2002). Il rifornimento idrico attraverso pozzi artesiani e freatici, drenati perlopiù da pompe azionate da mulini a vento, non è sufficiente al fabbisogno. Le crescenti esigenze dell'industria e il continuo incremento del turismo, infatti, rischiano di esaurire le riserve. Il paese ricorre, pertanto, alla costosa dissalazione dell'acqua di mare, che sopperisce in massima parte alle necessità.
Il paese ha ratificato accordi internazionali per l’inquinamento atmosferico, la desertificazione, la tutela del clima, le specie in via d’estinzione, la legislazione sul mare, l’eliminazione di scarichi in mare, l’abolizione di test nucleari, la protezione dell’ozonosfera, la protezione delle zone umide. Ha inoltre firmato, ma non ratificato, accordi per la salvaguardia della biodiversità e il protocollo di Kyoto sulla tutela del clima.
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